Ołtarz główny chybickiego kościoła powstał w pierwszej połowie wieku siedemnastego. Można wyodrębnić w nim dwa piętra oddzielone od siebie gzymsem. W dolnym polu głównym znajduje się obraz Matki Boskiej Częstochowskiej ubranej w drewnianą sukienkę i pochodzi on z początku XVIIwieku. Po bokach, w niszach znajdują się posągi Świętej Małgorzaty i Świętej Katarzyny datowane na pierwszą połowę XVII wieku. Poniżej tych posągów, w kartuszach znajdują się herby fundatorów – Syrokomla i Pobóg.
Natomiast górne piętro ołtarza głównego wypełniają obrazy Świętej Anny, Świętej Małgorzaty w miedzianej sukience oraz Świętej Katarzyny Sienieńskiej. Ołtarz wieńczy figura Świętego Michała.
Przy łuku tęczy znajdują się dwa ołtarze boczne w typie późnobarokowym z XVIII wieku. W lewym, w polu głównym widnieje obraz Świętego Jana Nepomucena i w zwieńczeniu Trójcy Świętej. W prawym, w polu głównym obraz Ukrzyżowania i w zwieńczeniu Pietą. Wszystkie obrazy z XVIII wieku – Pieta była później przemalowywana.
Ponadto z ciekawszego wyposażenia w kościele znajdują się:portal gotycki z zakrystii do składziku, ambona z pierwszej połowy XVIII wieku, tablica erekcyjna z 1362 roku, dzwon z 1565 r z herbem Odrowąż.
